CodonCode Aligner是一个领先的DNA序列分析软件，可用来DNA测序trace图编辑、突变分析、contig编辑、序列拼接，广泛用在进化学研究，生物学以及生物制药领域，提供了许多其他同类软件没有的特性，包括比较ClustalW和肌肉的DNA重叠比较，锐化，往返编辑，以及基本的PHRED，还有其他一些最基本的特点，例如变异检测。