《阿克汉姆之城》的故事发生在《阿克汉姆疯人院》事件的一年之后。在专门关押恶棍的阿甘疯人院的暴乱被镇压之后，典狱长QuincySharp功劳全部归于自己，以此赢得了接下来的市长大选。他上任后的第一件事情，就是购下城中大片的贫民窟，将其改造为一个规模更大的巨型监狱—这就是阿甘之城。这个自大的小人为这座监狱创造了一个全新的，同时也是唯一的规则:“只要不逃跑，在里面随你干什么”。监狱的戒备由雇佣兵担任，其实他们只负责驻守阿甘的“城墙”，射杀一切想出去，或者是未经授权的进入人员。典狱长Quincy Sharp的这种疯狂的念头早在《阿甘疯人院》中就有交代。一代游戏中院长的房间有一间隐藏的密室，其中的彩蛋即是阿甘之城的设计图纸。
本次事件的一开始，双面人正寻求获得机会在犯罪界树立自己的威名.他打算制定一个计划，公开处决猫女。蝙蝠侠因为自己和猫女之间的关系，也因为“世界的安全与和平”毅然决定出面制止这个邪恶的计划。就在猫女被吊起来正要糟糕的时候，蝙蝠侠出现摆平了双面人。随后，蝙蝠侠又一门心思地去见了许多老熟人。在前作中重伤的小丑被他的御用秘书Harley Quinn治好，备再度掀起破坏活动与此同时，疯博士也被送进了监狱，不甘寂寞的他让这座恶人集中营中关押的犯人陷入了极端的狂暴之中。而我们的女主角猫女则趁着混乱在阿甘市做了一点“珠宝生意”，顺便也搞到了一点高科技产品，像是蝙蝠侠收到的新工具和新升级......