Chem Windows不但可以画二维分子结构，还提供了模拟三维分子结构的工具。在中文Windows环境可直接输入汉字，所画分子结构式可通过剪贴，放入Word等for Windows软件编辑的文件中，还可利用其提供的程序转换为其它多种图形格式的文件，为其它应用软件调用，如转换为EPS文件，可被Word for Dos、Word Perfect for Dos or Wordperfect for Windows调用。