《深度黑暗》故事将围绕着科幻故事展开，包括间谍及生化恐怖等内容，采用第三人称视角。在30个关卡中潜入隐藏的水中基地，用高科技装备与强大的敌人战斗。敌人的类型有天人驾驶机器人、潜艇、生化人、巨型机器人和人类敌人。