1、【序列分析】

　　系统发育推论

　　型号选择

　　约会和时钟

　　祖传国家

　　选择和测试

　　序列比对

　　2、【统计方法】

　　最大似然

　　距离方法

　　普通最小二乘

　　最大的简约

　　复合似然

　　贝叶斯

　　3、【强大的视觉工具】

　　对齐/跟踪编辑器

　　树探索者

　　数据探索者

　　传奇发电机

　　基因复制向导

　　时间树向导

　　1.双击打开软件，点击下一步

　　2.选择安装路径

　　3.等待安装完成就可以使用了

　　1、首先根据提示安装好软件之后，准备需要建树的序列，并将序列保存为fasta格式。

　　2、打开MEGA7，点击Align--Edit/built Alignment，选择Create a new alignment，点击ok。

　　3、打开刚刚保存下来的fasta序列。

　　4、点击Alignment –Align by ClustalW ，选择所有序列，出现下图，参数根据需求修改，在这我们就直接选择默认，点击ok。

　　5、比对完成后，点击Data –Phylogenetic Analysis，出现下图坐标箭头指向的两个按钮。

　　6、点击Phylogeny，有5个构建进化树的方法，一般选择MaximumLikehood(最大似然法)、Neighbor-Joining(邻接法)和Minimum-Evolution(最小进化法)方法，在此选择选择Neighbor-Joining(邻接法)建树。

　　7、在Test of Phylogeny 选择Bootstrapmethod; No.ofBootstrap replications 输入2000; Mode/Method 核酸选择Maximum Composite Likehood, 氨基酸序列选择Poisson model; Rates among sites 选择Uniform rates; Gaps/Missing Data Treatment 选择Compeledeletion, 点击Compute得到下面结果，根据自己的需求对树进行修饰。