1、输入结构、读取数据文件盒直接操作文字，以球、棍及其混合模式等不同方式显示分子;

      2、用量子化学或经典势能曲面方法。进行单点、几何优化和过度态寻找计算。

      3、支持的计算方法有：从头计算，半经验方法，分子力学，混合计算等;

      4、支持用户定制的外部程序;

      5、其他模块：PAYTRACE模块、RMSFit、SEQUENCE编辑器、晶体结构器糖类结构器、构象搜寻、QSAR特效、脚本编辑器;

      6、新的力场方法：Amber2、Amber3、用户糖类的Amber、Amber94、Amber96;

      一、画原子

      1、打开Element Table对话框。这里有两种方法：

      在Build菜单中选择Default Element，或者双击Drawing工具。DefaultElement对话框允许从周期表中选择缺省元素。

      2、如果单击Properties...按钮，将显示当前选择元素的物理属性。也可以

      按下Shift键同时单击元素按钮，结果是一样的。单击OK键，物理属性框消失。

      3、如果Allow Ions或者Explicit Hydrogens打开(用对勾选择)，左键单击这些选项使其关闭。

      4、在缺省元素列表中选择Carbon，接着关闭元素对话框。缺省元素将设置为碳。当然也可以把打开的Default Element对话框移走，这样可以看到HyperChem工作区。当画原子非常多的分子时，这是非常有效的。

      5、左键单击Drawing工具，把指针移到工作区。

      6、左键单击工作区左下角，将出现一个小圈，代表未成键的碳原子。

      7、在工作区不同位置画更多的原子。

      二、画价键

      1、把指针移到刚才画的第一个碳上。

      2、按下鼠标左键。这是价键在第一个原子的位置。

      3、保持鼠标按钮按下的同时拖向工作区的顶端。

      4、放开鼠标按钮。这是价键在第二个原子的位置。一条线代表两个碳原子之间的价键。

      5、用仍旧停留在价键末端的指针, 用左键拖向工作区右下角。

      6、放开鼠标按钮。这是第三个原子的位置。

      7、在空白工作区画六个价键，形成一个环。

      现在你清楚了如何画原子和分子，并且学会了一些基本技巧。

      三、选择原子

      在这个练习中，通过选择原子，你可以学到基本的选择技巧。首先必须设置选择的级别[原子(atoms)，基(residues)，或分子(molecules)]，这里设置为原子(atoms)。

      1、左键单击Select菜单。

      2、左键单击选择Atoms。

      接下来，关闭Multiple Selections：

      1、左键单击Select菜单。

      2、如果Multiple Selections打开，左键单击来关闭它。

      这样当你重新选择一个原子或者一组原子的时候，前面的选择将会取消。

      四、删除原子

      1、左键单击Drawing工具进入绘图模式。

      2、右键单击想要删除的原子，或者想要删除的价键中部。原子和价键就会消失。