Cytoscape是款简单实用的生物信息分析软件。用户可以通过这款软件整合模块化网络和生物科学联系网络图的绘制，有喜欢的用户不要错过了。

【使用说明】

一、输入文件

支持多种输入格式，可以保存工程文件，支持多种布局的方式，支持导出图像，样式可以做丰富的调整，智能的选择过滤。

1、 edge文件格式：

tsv（制表符分隔的txt是一样的），csv（逗号分隔的），xls，xlsx文件等,一般两种tsv文件就足够我们使用了。下面就是一个典型的三列tsv格式的文件示例，第一列是原节点，第三列是目标节点，第二列是两者的相互作用关系，这里的作用关系标示了不同类型，在后面的网络设置中大家可以看到它的妙处，而这里的source与target都是数字，怎样转换为我们想看到的基因名字呢，这里也是先留一个问题，后面解释。

2、 node属性文件

可以导入，可以用来解决我们上面的问题，将edge文件中的数字替换成可视化的简单的基因名字。

二、导入数据

可以点击上面的物种名字选择一个实例来学习，也可以直接选择空的network用来导入数据，例如我选择了Arabidopsis，就出现了如下的界面，图示的是一个已经做好的网络的例子：

用户界面

1、 导入数据

2、 导入属性文件

3、 布局

三、高级功能

1、调整样式

（1）基本样式

（2）节点样式

（3）边样式

2、改节点名称

3、改边的颜色

4、调控网络各项指标统计

得到的结果会出现在一个新的面板当中：

5、改变节点大小

这里需要强调很重要的一点是，在对这里的改变节点大小进行操作之前，如果是想通过节点连接的边的数量进行梯度设定的话，是必须要进行上面第四步的统计分析的，否则没有Degree选项出现：

双击上面梯度设置的区域可以出来控制面板进行修改：

四、选择过滤

1、节点的选择

​2、子网络的选择与分离

六、导出图片

数据的导出可以是网络文件，表格文件或者是图片文件，图片文件包括多种图片格式以及pdf格式，对比图标的形态，下图所示的左侧两个是快速导入文件的图标：

生物信息分析软件(Cytoscape)

七、表达分析

Cytoscape还可以导入基因的表达值，将不同的表达值进行颜色的梯度展示，由于我的分析没有这部分数据所以将网络上学到的图片做了几个截图：

八、其它

Cytoscape提供了很多外接的数据库，右键点击相应节点，出现的选项里面选择externallinks，里面有以下所示连接的数据库：

此外，基于大量功能强大的插件的开发，以下的功能也很全面：

GO分析：BiNGO

Pathway分析：CytoKegg、KEGGscape等

模块与复合物分析：jActiveModules+BiNGO

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