《云林医圣普渡慈航》乃明代有名医家龚廷贤于崇祯元年（1628年）九十高龄时撰著，并由其子龚定国协助完成，于崇祯五年（1932年）付梓。本书以德、侔、天、地、道、贯、古、今为序，分为8卷，内容包括医论及内、外、妇、儿各科病证160余种，是一部综合性医学著作。全书论病辨证，以临证为据，逐条分述；选方用药，切合实用，并附病案治验，颇有临床参考价值，广泛适用于中医药临床人员和中医药院校师生及中医自学者学习参考。

《云林医圣普渡慈航》序
《普渡慈航》自序
《普渡慈航》跋
御医云林龚先生赞辞
御医云林龚先生像赞
云林医圣增补医鉴回春卷之一
太医精诚论
不知易不足以言医
养真论
脉论
诊脉切要歌
病源证治
药性共三百味
运气
亢制论
中风
附预防中风
附伤风
中寒内附阴症
云林医圣普渡慈航卷之二
伤寒
伤寒温热病治法
伤寒虚冷病治法
瘟疫
瘴气
蛊毒
中暑
中湿
燥证
火证
内伤
伤食附伤酒
附伤酒方
调补脾胃
郁症
痰饮
咳嗽
喘证
哮吼
云林医圣普渡慈航卷之三
疟疾
证治馀例
痢疾
证治馀例
泄泻
证治馀例
霍乱
霍乱死证
证治馀例
发沙
青筋
呕吐
恶心
翻胃
证治馀例
呃逆
嗳气
吞酸
吐酸
嘈杂
诸气
痞满
鼓胀
水肿
积聚
五疸
云林医圣普渡慈航卷之四
补益
证治馀例
老人
发热
证治馀例
劳瘵
失血
吐血
证治馀例
衄血
唾血
咳血
咯血
呕血
肠澼
恶热
恶寒
自汗盗汗
证治馀例
眩晕
麻木
证治馀例
痓病
癫狂
证治馀例
五痫
证治馀例
健忘
证治馀例
惊悸
证治馀例
怔忡
证治馀例
虚烦
不寐
厥证
邪祟
中恶
五绝
云林医圣普渡慈航卷之五
心痛
证治馀例
腹痛
证治馀例
腰痛
胁痛
臂痛
背痛
疝
脚气
证治馀例
鹤膝风
痛风
证治馀例
不仁
痿躄
证治馀例
头痛
证治馀例
须发
证治馀例
唇病
面病
耳病
证治馀例
鼻病
口病
舌病
牙齿
证治馀例
眼目
证治馀例
咽喉
证治馀例
声哑
结核
瘿瘤
肺痈肺痿
心漏
云林医圣普渡慈航卷之六
消渴
证治馀例
浊证
证治馀例
梦遗
证治馀例
淋证
尿血
遗尿
小便频
小便闭
大便闭
二便闭
关格
痔漏
脱肛
诸虫
体气
妇人科
总论
调经
证治馀例
经闭
证治馀例
虚劳
崩漏
证治馀例
带下
证治馀例
求嗣
云林医圣普渡慈航卷之七
妇人科
妊娠
产育
产后
产后诸症
产后石瘕
乳病
通乳
乳痈
乳岩
妇人杂病
小儿科
急惊
慢惊
慢脾
疳疾
癖疾
热证
感冒
伤食
吐泻
痰嗽
疟疾
痢疾
鬾病
小儿初生要法
断脐法
免痘方
小儿初生百病
痘疮
痘疮歌
发热治法
初出治法
起胀治法
收靥治法
痘后余毒
麻疹
云林医圣普渡慈航卷之八
外科诸证
痈疽
瘰疬
疔疮
便毒
下疳
杨梅疮
臁疮
疥疮
癣疮
痜疮
癜风
厉风
诸疮
杖疮
折伤
金疮
破伤风
汤火
虫兽
中毒
骨鲠
膏药
通治