理论探讨篇
第一章 交叉学科的内涵与发展
第一节 交叉学科的内涵解读
第二节 交叉学科的历史发展
第三节 学科发展的基本模式
第四节 交叉学科发展趋势
第二章 当代研究生教育改革
第一节 研究生核心素质：学习和创造知识
第二节 传统研究生培养模式
第三节 当代研究生教育的发展趋势——以国外高水平大学为例
第四节 交叉学科研究生教育的改革
实践探索篇
第三章 国外交叉学科研究生培养
第一节 美国交叉学科研究生培养
第二节 英国交叉学科研究生培养
第三节 欧洲大陆交叉学科研究生培养
第四节 日本交叉学科研究生培养
第五节 国外交叉学科研究生培养基本经验
第四章 我国交叉学科研究生培养
第一节 我国交叉学科研究生培养的演进
第二节 我国交叉学科研究生培养的案例分析
第三节 我国交叉学科研究生培养的特点
第四节 我国交叉学科研究生培养面临的问题与挑战
第五章 交叉学科研究生培养目标
第一节 研究生培养目标的演变与定位
第二节 制定交叉学科研究生培养目标的主要依据
第三节 交叉学科研究生培养目标的形成机制
第六章 交叉学科研究生培养的实践过程
第一节 招生工作与交叉学科研究生培养
第二节 课程教学与交叉学科研究生培养
第三节 导师指导与交叉学科研究生培养
第四节 科学研究及专业实践与交叉学科研究生培养
第五节 学位论文写作与交叉学科研究生培养
第六节 交叉学科研究生培养的管理与评价
对策建议篇
第七章 完善交叉学科研究生培养的对策与建议
第一节 保驾护航做好顶层设计——对政府管理部门的建议
第二节 承上启下做好中介者——对培养单位的建议
第三节 既是经师，更是人师做好传帮带——对研究生导师的建议
第四节 融合与创新做好践行者——对研究生的建议
后记

作为对交叉学科研究生培养这一主题的专题研究，熊思东等著的《交叉学科研究生培养研究》分为3篇。
第一篇理论探讨篇，主要围绕交叉学科的内涵解读、历史发展、基本模式与发展趋势、传统学科研究生培养模式、交叉学科研究生教育改革等问题进行了比较深入的理论探讨。
第二篇实践探索篇，对美国、英国、欧洲大陆、日本等国家交叉学科研究生培养的基本情况和基本经验进行了比较分析，对我国交叉学科研究生培养的目标、实践演进与特点、面临的问题与挑战等问题进行了深入研究，对交叉学科研究生培养各个环节的实施提出了思路和方案。
第三篇对策建议篇，围绕交叉学科研究生培养的主题，在理论与实践结合系统深入研究的基础上，分别对政府管理部门、研究生培养单位、研究生导师和研究生提出了交叉学科研究生培养的具体对策建议。