实验一 普通光学显微镜的使用
实验二 培养基的制备与灭菌
实验三 空气微生物检测
实验四 水中细菌总数的测定
实验五 芽孢杆菌生长曲线的测定
实验六 土壤微生物的分离及计数
实验七 细菌、放线菌、真菌菌落形态的显微观察与计数
实验八 微生物纯种的分离、接种及培养
实验九 超积累植物内生真菌的分离及抗性测定
实验十 芽孢杆菌的制片及革兰氏染色
实验十一 环境因子对微生物生长的影响
实验十二 富营养水体中藻类叶绿素a含量的测定
实验十三 淀粉酶和过氧化氢酶活性的测定
实验十四 污染土壤环境中功能微生物的分离、筛选及驯化
实验十五 功能微生物菌株对镉的吸附
实验十六 水样中BOD5的测定
实验十七 紫外线杀菌效果的检测
实验十八 实验室酸牛乳发酵及指标检测
实验十九 CTAB法提取DNA
实验二十 DNA和RNA浓度检测
实验二十一 蛋白质浓度测定（双缩脲法）
实验二十二 EPS提取与测定
附录一 常用玻璃器皿的洗涤、干燥与包扎
附录二 常用培养基的配方
附录三 常用试剂和溶液的配制
附录四 常用菌种的保藏方法

龙建友、阎佳主编的《环境工程微生物实验教程》的实验大致可以分为三类：第一类为基础性实验，目的是加强学生对微生物概念及基本理论知识的掌握和理解，如普通光学显微镜的使用、培养基的制备与灭菌等；第二类为综合性实验，目的是提高学生的实际操作能力，培养学生理论联系实际及发现问题、分析问题和解决问题的能力，如空气微生物检测、水中细菌总数的测定、土壤微生物的分离及计数等；第三类为研究性实验，目的是培养学生的主动创新和解决实际科学问题的能力，如污染土壤环境中功能微生物的分离、筛选及驯化，功能微生物菌株对镉的吸附，实验室酸牛乳发酵及指标检测等。
本书可作为高等院校环境工程、环境监测、资源与环境等专业的学生教材，也可供相关专业研究人员及实验技术人员参考。