《石室秘录》卷一至卷五上半部分，以治法为纲，依次列举了一百二十八种治法。卷五下半部分论述了五行、脏腑、阴阳、昼夜、四时等十七论以及儿科诊法等。卷六为伤寒、中寒、中暑、水湿、热症、燥症、内伤七门，每门中分别论述了相关疾病的治法，以及血症、腹痛、喉痛等十六种杂症的治法。这种以治法为纲的编写方法，是本书的主要特点。陈士铎在他的这部书中总结和记录了他的临证经验，具有很高的临床指导价值。

卷一 礼集
正医法
反医法
顺医法
逆医法
内治法
外治法
完治法
碎治法
大治法
小治法
偏治法
全治法
生治法
死治法
卷二 乐集
上治法
中治法
下治法
先治法
后治法
急治法
缓治法
本治法
末治法
不内外治法
阴治法
阳治法
假治法
真治法
男治法
女治法
虚治法
实治法
寒治法
热治法
通治法
塞治法
……
卷三 射集
卷四 御集
卷五 书集
卷六 数集
跋