作者对思想史的研究方法有自己的思考。他区分“思想史”与“学术史”，认为前者侧重的是一时代思想变化的源流大概，及其对后世的影响。本书的论述不以个人为中心，而是围绕思潮和问题展开，且在解释传统思想时，引入西方思想作为参照。许多具体的论断虽然不一定正确，但也能启发读者的思考。

导读
导言 中国五千年来思想变迁的鸟瞰
章 原始中国民族的神话思想
第二章 宗教与伦理观念之进化
第三章 神权思想之衰落与人事观念之代兴
第四章 宗法社会思想之圆满的发展
第五章 贵族社会中的一般思想
第六章 学术的解放与思想的分化
第七章 各派思想之凋落混合及神秘思想之复兴
第八章 怀疑时代的曙光
第九章 佛教的输入
第十章 新佛教宗派的创造
第十一章 唐宋间理学未兴前之新形势
第十二章 宋朝理学的起源及其成立之经过
第十三章 理学的大成和独占
第十四章 程朱学的衰落与王学的兴起
第十五章 理学的反动时期
第十六章 考据学全盛下的清代思想界
第十七章 思想的解放与今文家的活动
第十八章 欧洲思想与昔日之中国
第十九章 政治思想与实际政治运动
第二十章 新文化运动的黎明时代
第二十一章 新文化运动的成绩