《伤寒溯源集》在编次上首先列"阴阳发病六经统论"一篇，将仲景原文"病有发热恶寒者，发于阳也;无热恶寒者，发于阴也……"列于六经之首，作为总纲。然后按照太阳、阳明、少阳、太阴、少阴、厥阴排列六经，每经皆按先正治法、后变法的顺序编排，以法类证统方，对各篇原文详予注释，释文遵从《灵》、《素》之旨，选取成无己以来历代注家之精微，本着"合者择之，谬者摘之，疑者释之，混者晰之"的原则，而有所补阐、辨正，每方均有方论、析义、辨误、论治，务使读者能明立法之意，用药之因，从中领悟仲景理法制方之妙，体现了钱氏"以法类证统方"的治伤寒的学术特点。
《<伤寒溯源集>应该这样读》本书的特色，主要是作者将本人如何读经典，如何领悟经典中的深意，如何将其灵活运用于临床之中的一些感悟著于书中，以期对学习伤寒的人有所帮助。经典还是那些经典，经方也一直在那里，但是大家学中医之难处就在于缺少名师指点，名师的经验分享，以及如何灵活有效地将经典运用到临床。