《伤寒杂病论类编》，原名为《金匮玉函经类编》，初由内藤希哲执笔，撰成太阳病三卷、阳明病一卷、坏病篇二卷，共计六卷。希哲去世后，门人小岛伯玉继承其业，耗时近三十年完成全书十二卷，于明和二年（1765）脱稿，京都大学藏其写本。后又经馆林藩医大岛仲和与其侄小岛伯象重加修定，编为十三卷，于文政二年（1819）刊行。
本书将《伤寒杂病论》条文分类重编，并加注解，卷一为序论、脉法、辨证、治法篇，卷二至卷五为太阳篇，卷六至卷七为阳明篇，卷八至卷十为少阳、太阴、少阴、厥阴篇，卷十一至卷十三为辨坏病脉证并治，末附《伤寒杂病论类编》附言、平脉法贬伪及后序。如果把内藤希哲所撰《医经解惑论》看作是希哲学术思想体系的总论，那么后人为希哲整理的《伤寒杂病论类编》则可以看作是研究各论，二书互为根本与补充，构成了内藤希哲医著的完整框架。若将二书相互参照研究，对于我们系统、全面研究内藤希哲的伤寒学术思想体系将大有裨益。

序
叙
序
序
凡例
卷一
伤寒卒病论集
序论第一
脉法第二
辨证第三
治法第四
卷二
辨太阳病脉证并治法上第五
认太阳病法
辨中风伤寒法
辨传经法
辨阴阳寒热法
太阳病里和表证者宜发汗法
太阳病里和表虚者用桂枝汤法
太阳病里和表实者用麻黄汤法
桂枝麻黄加减法
卷三
辨太阳病脉证并治法中第六
太阳病里虚表证者不可发汗法
太阳病里虚表证者宜先救里法
卷四
卷五
卷六
卷七
卷八
卷九
卷十
卷十一
卷十二
卷十三
《伤寒杂病论类编》附言
《平脉法》贬伪
后叙