本书辑录著名历史学者秦晖关于明清交替之际的一组研究文章，以纵向的时间轴论，集中于明末清初；以横向的领域而言，主要从“农民战争与土地制度史”的角度出发，考察几支政治力量的战时策略以及它们之间的角逐。
全书分为四辑。
第一辑“从‘联明抗清’到‘南明史’”，从细致入微的考证与逻辑严谨的思辨入手，分析了南明、农民军、清廷三家政权之间的鼎立态势、纠缠关系，及此消彼长的形势变化，也分析了包括缙绅阶层在内的各种社会力量之间的互动。
第二辑“西南‘国主’政权”，主要着眼于顺治四年占领云南的大西农民军的活动与制度，分析其经济与政治实践的特点与局限。
第三辑“李自成及其余部”，驳斥了李自成禅隐石门夹山的传说，辨析了李自成余部所谓“后明韩主”及“定武政权”的子虚乌有。同时以精彩的考证分析，指出被误认为李自成的“奉天玉和尚”很有可能是明清之际川东的一个军阀——李占春。
第四辑探讨了李自成的归宿，追溯了一个被虚构的李自成谋士如何从小说进入史料的过程，评价了崇祯帝的作为，分析了明代中叶的“倭寇”问题。

序言\t
一 从“联明抗清”到“南明史”
“联明抗清”的农民军之独立地位问题\t
抗清民族运动的兴衰与南明的覆亡\t
甲申前后北方平民地主阶层的政治动向\t
南明史研究与顾诚的《南明史》\t
二 西南“国主”政权
沙定洲之乱与大西军入滇\t
后期大西军营庄制度初探\t
大西军治滇时期的农业\t
三 李自成及其余部
“奉天玉和尚”之谜\t
“禅隐夹山说”及其学风\t
奉天玉绝非李自成补证\t
“后明韩主”乌有说\t
“白毛毡”考\t
关于贺珍与清初陕南抗清运动的若干问题\t
高氏\t
四 教学参考
李自成归宿之谜\t
李岩之谜\t
“英明”的昏君——崇祯帝\t
谈明代中叶的“倭寇”问题

△崇祯十六年以前北方缙绅一致与农民军为敌并不能阻止农民战争走向胜利顶峰，那么崇祯十七年春夏北方缙绅的背顺投清，何以会使大顺军一蹶不振？
△“沙定洲之乱”究竟该如何定性？
△后期大西军政权经济政策的核心——“营庄制度”为何失败？
△“奉天玉和尚”是谁？李自成真的归隐禅林了吗？
△“白毛毡”是哪支队伍？
△极富传奇色彩的李自成谋士李岩确有其人吗？
明清交替之际的历史，充满扑朔迷离。本书将这些谜团一一破解，可谓做历史考证学问的一个典范。