本编目收录武陵山区的蕨类植物32科，94属，572种；裸子植物6科，29属，58种；被子植物184科，1220属；共计有维管植物222科，1343属，5030种。
本书是一本集体创作的作品，科、属和物种编列及标本核对的工作都由团队集体完成，并最后由牵头编写单位审核。
本书所有物种的编列采用了分类系统。蕨类植物按PPG系统，裸子植物按郑万均系统，被子植物按APG IV系统。采用上述系统，是为了更方便地与分子系统相衔接。

一、石松科 Lycopodiaceae（7：15）
二、卷柏科 Selaginellaceae（1：20）
三、木贼科 Equisetaceae（1：6）
四、瓶尔小草科 Ophioglossaceae（2：8）
五、松叶蕨科 Psilotaceae（1：1）
六、合囊蕨科 Marattiaceae（1：1）
七、紫萁科 Osmundaceae（2：4）
八、膜蕨科 Hymenophyllaceae（3：12）
九、里白科 Crepidomanes（2：4）
十、海金沙科 Lygodiaceae（1：1）
十一、槐叶蘋科 Salviniaceae（2：2）
十二、蘋科 Marsileaceae（1：1）
十三、瘤足蕨科 Plagiogyriaceae（1：5）
十四、桫椤科 Cyatheaceae（1：1）
十五、金毛狗科 Cibotiaceae（1：1）
十六、鳞始蕨科 Lindsaeaceae（3：4）
十七、凤尾蕨科 Pteridaceae（8：67）
十八、碗蕨科 Dennstaedtiaceae（5：19）
十九、冷蕨科 Cystopteridaceae（2：3）
二十、轴果蕨科 Rhachidosoraceae（1：1）
二十一、肠蕨科 Diplaziopsidaceae（1：1）
二十二、铁角蕨科 Aspleniaceae（2：30）
二十三、金星蕨科 Thelypteridaceae（11：60）
二十四、岩蕨科 Woodsiaceae（2：2）
二十五、蹄盖蕨科 Athyriaceae（3：74）
二十六、乌毛蕨科 Blechnaceae（3：5）
二十七、球子蕨科 Onocleaceae（1：2）
二十八、肿足蕨科 Hypodematiaceae（1：4）
二十九、鳞毛蕨科 Dryopteridaceae（7：149）
三十、肾蕨科 Nephrolepidaceae（1：1）
三十一、三叉蕨科 Tectariaceae（1：1）
三十二、水龙骨科 Polypodiaceae（14：66）
三十三、苏铁科 Cycadaceae（1：3）
三十四、银杏科 Ginkgoaceae（1：1）
三十五、南洋杉科 Araucariaceae（1：1）
三十六、松科 Pinaceae（9：25）
三十七、柏科 Cupressaceae（12：19）
三十九、红豆杉科 Taxaceae（5：9）
三十八、睡莲科 Nymphaeaceae（3：7）
三十九、五味子科 Schisandraceae（3：17）
四十一、三白草科 Saururaceae（3：3）
四十二、胡椒科 Piperaceae（2：4）
四十三、马兜铃科 Aristolochiaceae（3：21）
四十四、木兰科 Magnoliaceae（8：34）
四十五、番荔枝科 Annonaceae（1：2）
四十六、蜡梅科 Calycanthaceae（1：1）
四十七、莲叶桐科 Hernandiaceae（1：1）
四十八、樟科 Lauraceae（9：83）
四十九、金粟兰科 Chloranthaceae（2：6）
五十、菖蒲科 Acoraceae（1：2）
五十一、天南星科 Araceae（16：35）
五十二、岩菖蒲科 Tofieldiaceae（1：1）
五十三、泽泻科 Alismataceae（3：7）
五十四、水鳖科 Hydrocharitaceae（6：10）
五十五、眼子菜科 Potamogetonaceae（2：10）
五十六、沼金花科 Nartheciaceae（1：5）
五十七、薯蓣科 Dioscoreaceae（1：18）
五十八、百部科 Stemonaceae（1：1）
五十九、藜芦科 Melanthiaceae（4：20）
六十、秋水仙科 Colchicaceae（1：6）
六十一、菝葜科 Smilacaceae（2：31）
六十二、百合科 Liliaceae（8：24）
六十三、兰科 Orchidaceae（52：143）
六十四、仙茅科 Hypoxidaceae（2：3）
六十五、鸢尾科 Iridaceae（5：14）
六十六、黄脂木科 Xanthorrhoeaceae（2：5）
六十七、石蒜科 Amaryllidaceae（10：34）
六十八、天门冬科 Asparagaceae（19：57）
六十九、棕榈科 Arecaceae（6：9）
七十、鸭跖草科 Commelinaceae（7：15）
七十一、雨久花科 Pontederiaceae（3：4）
七十二、鹤望兰科 Strelitziaceae（1：1）
七十三、芭蕉科 Musaceae（2：2）
七十四、美人蕉科 Cannaceae（1：6）
七十五、竹芋科 Marantaceae（2：2）
七十六、姜科 Zingiberaceae（5：12）
七十七、香蒲科 Typhaceae（2：4）
七十八、谷精草科 Eriocaulaceae（1：2）
七十九、灯心草科 Juncaceae（3：12）
八十、莎草科 Cyperaceae（14：114）
八十一、禾本科 Poaceae（98：232）
八十二、金鱼藻科 Ceratophyllaceae（1：1）
八十三、领春木科 Eupteleaceae（1：1）
八十四、罂粟科 Papaveraceae（8：33）
八十五、木通科 Lardizabalaceae（6：16）
八十六、防己科 Menispermaceae（8：20）
八十七、小檗科 Berberidaceae（7：58）
八十八、毛茛科 Ranunculaceae（16：95）
八十九、清风藤科 Sabiaceae（2：20）
九十、莲科 Nelumbonaceae（1：1）
九十一、悬铃木科 Platanaceae（1：2）
九十二、山龙眼科 Proteaceae（2：2）
九十三、水青树科 Tetracentraceae（1：1）
九十四、黄杨科 Buxaceae（3：15）
九十五、芍药科 Paeoniaceae（1：6）
九十六、蕈树科 Altingiaceae（1：2）
九十七、金缕梅科 Hamamelidaceae（6：14）
九十八、连香树科 Cercidiphyllaceae（1：1）
九十九、虎皮楠科 Daphniphyllaceae（1：3）
一百、鼠刺科 Iteaceae（1：3）
一百零一、茶藨子科 Grossulariaceae（1：7）
一百零二、虎耳草科 Saxifragaceae（7：27）
一百零三、景天科 Crassulaceae（7：27）
一百零四、扯根菜科 Penthoraceae（1：1）
一百零五、小二仙草科 Haloragaceae（2