本书内容包含：棉花基因组调研与组装、棉花二倍体基因组研究、异源四倍体棉花基因组研究、棉花种质资源与变异组学研究、植物三维基因组学研究和棉花的表观遗传学研究。第一章介绍了基因组调研、测序技术、序列组装和基因注释相关的基础理论知识；第二章和第三章分别介绍了棉花二倍体和异源四倍体基因组研究的具体案例与科学发现；第四章主要概述了中国棉花种质资源的创新与利用现状，介绍了亚洲棉、陆地棉和海岛棉的变异组学研究进展，总结了重要农艺性状形成的关键位点和基因；第五章介绍了植物三维基因组学发展历程、主要技术、数据分析流程和最新研究进展；最后一章介绍表观遗传基因组研究现状，总结了DNA甲基化、蛋白质翻译后修饰和非编码RNA研究成果以及棉花表观遗传研究进展。
本书适于生物信息学、基因组学、作物遗传学、三维基因组学、表观遗传学等相关领域科研院所和高校的教师、研究生、科研人员，以及生物技术企业的科研人员参考阅读。

前言
第一章 棉花基因组调研与组装
第一节 基因组调研
第二节 基因组测序与组装
第三节 基因组可视化与注释
第四节 棉花基因组组装案例
参考文献
第二章 棉花二倍体基因组研究
第一节 棉花二倍体基因组概述
第二节 棉花二倍体基因组大事记
第三节 雷蒙德氏棉基因组研究进展
第四节 亚洲棉基因组研究进展
第五节 澳洲棉基因组研究进展
第六节 瑟伯氏棉和戴维逊氏棉基因组研究进展
第七节 特纳氏棉基因组研究进展
第八节 草棉基因组研究进展
第九节 长萼棉基因组研究进展
第十节 异常棉基因组研究进展
第十一节 司笃克氏棉基因组研究进展
第十二节 比克氏棉基因组研究进展
第十三节 圆叶棉、亚洲棉、雷蒙德氏棉基因组研究进展
参考文献
第三章 异源四倍体棉花基因组研究
第一节 异源四倍体棉花基因组研究现状
第二节 陆地棉基因组测序研究进展
第三节 海岛棉基因组研究进展
第四节 其他四倍体棉花基因组研究进展
参考文献
第四章 棉花种质资源与变异组学研究
第一节 中国棉花种质资源概况
第二节 全转录组关联分析
第三节 亚洲棉变异组及重要性状遗传基础解析
第四节 陆地棉变异组及重要性状遗传基础解析
第五节 海岛棉变异组研究
参考文献
第五章 植物三维基因组学研究
第一节 三维基因组学概述
第二节 三维基因组学研究技术
第三节 植物三维基因组层级结构
第四节 三维基因组数据分析
第五节 三维基因组可视化
第六节 植物三维基因组研究进展
第七节 展望
参考文献
第六章 棉花的表观遗传学研究
第一节 表观遗传学的发展、定义和分类
第二节 表观遗传学的研究现状
第三节 棉花基因组DNA甲基化研究进展
第四节 棉花蛋白质翻译后修饰研究进展
第五节 棉花非编码RNA研究进展
第六节 棉花表观修饰和多倍体基因组进化
第七节 表观修饰之间的互作及其意义
第八节 棉花表观遗传研究展望
参考文献