全书从司马懿的崛起写到东晋的灭亡。
东汉末年，群雄争霸，司马氏父子坚忍深谋，接力经营，很终以晋代魏，降蜀灭吴，一统神州。然而干戈方熄，内乱又起。昏君即位，贾后当政，八王同室操戈，晋室一片混乱。刘汉乘势而起，揭开五胡乱华大幕。司马氏难以立足北方，仓皇南渡，与北方诸胡划江而治，开启了中国历史记录为眼花？乱的时代：北方诸胡以大地为砧板，以众生为鱼肉，铁骑纵横，高呼酣斗，山河之间，血流成河，尸积如山……东晋君臣，虽不忘丧国之痛，但依然争权夺利，你死我活。门阀大族各不相让。或把持朝政，为所欲为；或拥兵自重，霸居一方，致使司马氏一朝始终积弱，多次为权臣所乘，数次起死回生。摇摇欲坠多年之后，很终奇迹不再――刘裕大权独揽之后，断然夺过传国玉玺，宣告大晋王朝退出历史舞台。
昊天牧云著的《晋朝那些事儿(5淝水之战卷)》从桓温北伐写到淝水之战。桓温数度北伐，初战皆捷，胜利在望，但因误判形势而功败垂成。外战无功，便转而向内夺权，清除异己，欲逼司马氏行禅让，为谢安所败。与此同时，苻坚发动政变，登上前秦皇帝宝座。他在王猛的辅佐之下，一统北方，虎视江南。王猛死后，苻坚发动攻晋之战。谢石、谢玄率军在淝水与苻坚对垒，利用前秦内部矛盾，抓住战机，以少敌众，大破前秦大军，取得淝水之战的胜利，保住了摇摇欲坠的东晋王朝。苻坚一溃千里之后，为姚苌所乘，一代雄主，死于非命。鲜卑诸燕卷土重来，北方再次四分五裂。

第一章 桓温第一次北伐
第二章 双雄并峙
第三章 桓温第二次北伐
第四章 桓温时代的终结
第五章 苻坚向深渊迈步
第六章 淝水之战