本书以明·无名氏《新刊黄帝内经灵枢》为底本，以元·古林书堂刊本《新刊黄帝内经灵枢》、明·熊宗立刊本《新刊黄帝内经灵枢》、明·詹林所刊本《京本黄帝内经灵枢》、明·周曰刊本本书、明万历二十九年吴勉学刊《古今医统正脉全书》本《黄帝素问灵枢经》、明·吴悌刊本《黄帝素问灵枢经》、明正统道藏本《黄帝素问灵枢集注》、明·赵府居敬堂刊本《黄帝素问灵枢经》、朝鲜刊活字本《新刊黄帝内经灵枢》为对校之本，仿照中华书局点校《二十四史》之例，对底本进行点校。

《黄帝内经灵枢》序
黄帝内经灵枢卷第一
九针十二原第一法天
本输第二法地
黄帝内经灵枢卷第二
小针解第三法人
邪气藏府病形第四法时
黄帝内经灵枢卷第三
根结第五法音
寿天刚柔第六法律
官针第七法星
黄帝内经灵枢卷第四
本神第八法风
终始第九法野
黄帝内经灵枢卷第五
经脉第十
黄帝内经灵枢卷第六
经别第十一
经水第十二
黄帝内经灵枢卷第七
经筋第十三
骨度第十四
黄帝内经灵枢卷第八
五十营第十五
营气第十六
脉度第十七
营卫生会第十八
四时气第十九
黄帝内经灵枢卷第九
五邪第二十
寒热病第二十一
痂癫狂病第二十二
热病第二十三
黄帝内经灵枢卷第十
厥病第二十四
病本第二十五
杂病第二十六
周痹第二十七
口问第二十八
黄帝内经灵枢卷第十
师传第二十九
决气第三十
肠胃第三十一
平人绝谷第三十二
海论第三十三
五乱第三十四
胀论第三十五
黄帝内经灵枢卷第十二
五癃津液别第三十六
五阅五使第三十七
逆顺肥瘦第三十八
血络论第三十九
阴阳清浊第四十
黄帝内经灵枢卷第十三
阴阳系日月第四十一
病传第四十二
淫邪发梦第四十三
顺气一日分为四时第四十四
外揣第四十五
黄帝内经灵枢卷第十四
五变第四十六
本藏第四十七
黄帝内经灵枢卷第十五
禁服第四十八
五色第四十九
论勇第五十
背腧第五十
黄帝内经灵枢卷第十六
卫气第五十二
论痛第五十三
天年第五十四
逆顺第五十五
五味第五十六
黄帝内经灵枢卷第十七
水胀第五十七
贼风第五十八
卫气失常第五十九
玉版第六十
五禁第六十
黄帝内经灵枢卷第十八
动输第六十二
五味论第六十三
阴阳二十五人第六十四
黄帝内经灵枢卷第十九
五音五味第六十五
百病始生第六十六
行针第六十七
上膈第六十八
忧恚无言第六十九
黄帝内经灵枢卷第二十
寒热第七十
邪客第七十一
通天第七十二
黄帝内经灵枢卷第二十
官能第七十三
论疾诊尺第七十四
刺节真邪第七十五
黄帝内经灵枢卷第二十二
卫气行第七十六
九宫八风第七十七
黄帝内经灵枢卷第二十三
九针论第七十八
岁露论第七十九
黄帝内经灵枢卷第二十四
大惑论第八十
瘫疽第八十一