许多近缘鱼类的外部形态十分相似，单纯地依靠形态学鉴定具有一定局限性。随着分子生物学技术的应用和发展，DNA条形码（DNA barcoding）逐渐地被广泛应用于鱼类分类学研究。传统DNA条形码技术是用基因组内一段标准化的DNA片段来鉴定生物物种，其中线粒体DNA的COI基因拥有长度适宜、进化速率慢及富含系统发育信号等特点，且大多数鱼类的COI基因能被通用引物扩增。因此，鱼类种类鉴定通常选择COI基因作为DNA条形码。近年来，随着高通量测序技术的迅速发展，DNA高通量条形码（DNA metabarcoding）技术给鱼类种类识别和检测技术带来了革新。通过提取环境样品中的环境DNA（environmentDNA，简称eDNA），并使用高通量条形码技术进行识别，可以实现对大量样本的物种鉴定，目前使用较多的高通量条形码为Miya等建立的12SrRNA条形码，可基本满足海洋鱼类鉴定的需求。

软骨鱼纲
银鲛目
黑线银鲛
真鲨目
梅花鲨
沙捞越绒毛鲨
网纹绒毛鲨
角鲨目
蒙式角鲨
长吻角鲨
拟背斑扁鲨
鲼曰
齐氏窄尾□
紫色翼□
花尾燕□
褐黄扁□
加里曼丹无刺鳐
辐鳍鱼纲
海鲢目
大海鲢
鳗鲡目
雪花斑裸胸鳝
长尾弯牙海鳝
云纹蛇鳝
鳄形短体鳗
微鳍新蛇鳗
食蟹豆齿鳗
银汉鱼目
凡氏下银汉鱼
鲱形目
黄带圆腹鲱
叶鲱
黑口鳓
鳓
鼠鳝目
遮目鱼
灯笼鱼目
大头狗母鱼
杂斑狗母鱼
日本姬鱼
黑缘青眼鱼
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