图书版的忍者神龟已经进入了第2部第1辑的冒险。时代改了，故事也变了，铁面人沙迪达洛改名为施莱德回来了，他要一洗前耻向神龟们报仇！神龟们和施莱德起了正面冲突，达芬奇在对峙中身心俱创。突破重围的神龟们离开纽约到凯西老家的农场里休养，但昏迷中的达芬奇还能够重新站起来吗？而此时，粗心的米开朗基罗又被怪物猎人盯上了……重新回到纽约的神龟们面临着与施莱德的最后决战，这将是一场生与死的战斗……

神龟们在埃菲尔家的大爆炸中死里逃生后，离开纽约，前往凯西祖母的农舍让达芬奇养伤。达芬奇还是昏迷不醒，斯普林特老师说出了一个秘密……原来一向勇敢的达芬奇曾经得过恐惧症！斯普林特老师和其他神龟试图用深情的回忆来唤醒他的斗志……达芥奇能够重新站起来吗？

神龟们在凯西祖母的农舍里落了脚，达芬奇在众人的呼唤下终于苏醒了，但新的麻烦又来了。米开朗基罗在森林里闲逛时被邻居用景像机拍了下来，录像带引来了“怪物猎人”芬博士的追捕。芬博士一心想要抓住传说中的”绿色人”，一举成名。神龟们想尽办法阻止芬博士的疯狂行为。但出人意料的是，一个真正的绿色人出现了……

达芬奇恢复健康后，神龟们回到了纽约，他们发誓要和施莱德作最后的决战。神龟们遥控神龟装甲车，巧妙地闯入施菜德老巢所在的大楼，一层层地向楼顶进攻。他们首先要面对的就是那些神出鬼没的科技隐身忍者。由于隐身忍者在暗处，神龟们只能处处挨打，情况非常不妙……

昏迷的达芬奇

怪物猎人芬博士

再回纽约