本书旨在为生物学研究者介绍分子进化领域的统计分析工具，着眼点放在对资料分析有重要价值的方法，使读者系统而深入地了解其全貌，避免分析数据时的“黑箱作业”。

分子进化生物学是一门利用分子数据重建物种或基因间的进化关系并了解其进化过程与机制的学科，统计模型及算法则是分子进化研究中的主要方法论工具。

本书包含核苷酸置换和氨基酸置换模型、系统发育重建的常规方法及最大似然法与贝斯推断法、分子钟检验与物种分歧时间估计、适应性进化检测以及分子进化模拟技术等章节，内容丰富，方法新颖，并辅以实例说明，可作为高年级本科生和研究生教材，也可供进化生物学、分子系统学、群体遗传学以及生物统计学和计算生物学等相关领域的研究人员阅读。

第1部分 分子进化建模

 第1章 核苷酸置换模型

 第2章 氨基酸和密码子置换模型

第2部分 系统发育重建

 第3章 系统发育重建：概述

 第4章 最大似然法

 第5章 贝斯方法

 第6章 方法比较与树的检验

第3部分 高级专题

 第7章 分子钟与物种分歧时间估计

 第8章 蛋白质的中性与适应性进化

 第9章 分子进化的计算机模拟

 第10章 展望

附录

参考文献