爱德华德和他的弟弟阿尔芬斯十分思念在他们还小的时候亡故的母亲，实行了炼金术中最大的禁忌——可以将死者复活的人体炼成。

可是炼成失败，爱德华德失去了左腿，阿尔芬斯则失去了全身。爱德华德好不容易才以牺牲自己的右臂为代价将弟弟的灵魂炼成，并定着在一副铠甲上，可是其代价未免太大了。爱德华德和阿尔芬斯一起，为了找回所失去的一切，开始踏上了寻找拥有极大力量的“贤者之石”的旅程。

右臂和左腿用钢制义肢“机械铠”来替代的他，被人们称为“钢之炼金术师”……

第1话 两个炼金术师

第2话 生命的代价

第3话 煤矿城市

第4话 火车上的战斗

第5话 炼金术师的烦恼

第6话 破坏的右手

第7话 雨停后

第8话 希望之路

第9话 家人在等待的家

第10话 贤者之石

第11话 两个守护者

第12话 “人类”的定义

外传 军部祭典

第13话 钢铁身体

第14话 独生女的心情

第15话 钢铁之心

第16话 每个人所要追逐的目标

外传 军方的狗？

第17话 有些热闹的山谷

第18话 诚意的价值

第19话 代替你们

第20话 师父的恐怖

第21话 两人之间的秘密