《孙文垣医案》是《赤水玄珠全集》(又称《孙一奎医学全书》)内之一种，由孙一奎之子编辑，成书于明万历元年(1573)，一名《赤水玄珠医案》，又名《生生子医案》，按孙氏临证所在地区不同而分为《三吴治验》(一、二卷)、《新都治验》(三、四卷)及《宜兴治验》(五卷)，共收载验案三百九十七则。《孙文垣医案》论病详确，临症精思，论证有独见，治病有特色，文笔流畅，语言通俗。本书较全面地反映孙氏诊治特色及临床经验，足堪后人师法，且对发掘整理研究中医药学及指导临床作出了一定的贡献。

《孙文垣医案》版本众多，如明万历十二年甲申刻本、古歙黄鼎明万历二十四年丙申刻本、清汲古阁刻本、日本明历三年风月堂庄左卫门刊本、清东佛镇天宝楼刻本等。

医案一卷

 三吴治验

 万历龙飞二年吴小峰小川目疾

 万历甲戌沈中丞案

 张孝廉后渠大头疫

 吴江孙行人痛风(有发明)

 郑都谏公子痘(有发明)

 张文学子心病虚弱(有发明)

 大宗伯董浔阳翁脾胃疾(有发明)

 董龙山夫人便血

 马厨疟痢并发(有发明)

 吴肖峰令政腹痛(有发明)

 大光禄庞太夫人寒热头痛，饱闷

 光禄公痰火胁痛(有发明)

 张思轩夫人心痹(有发明)

 马迪庵公内伤，腹胀，大小便不利(有发明)

 潘大司马肠风

 马凤林内子隐疾(有发明)

 舜田臧公气虚中满

 金溪令君臧老夫人大头疫(有发明)

 潘见所公半身不遂(有发明)

 见所公白浊(有发明)

 凌夫人孕

 金元岩令眷产后痢

 沈别驾夫人产后发热(有发明)

 吴太夫人白带

 吴北海令政经行四肢累累发块红紫

 周刍玉白浊

 竹匠妇妊娠吐血胸腹胀痛(有发明)

 李妓梦遗咳嗽

 金妓时疫

 曹镗胸膈不畅

 李双痛风

 沈别驾门下老仆三阳合病(有发明)

 蔡中林内人阳明少阳合病

 吴九宜先生早晨泄泻

 沈大官左膝肿痛不能起止

 沈继庵下痢脱肛，内人干霍乱

 沈晴岳先生五更耳鸣

 潘景宇内人头痛作泻

 臧六老上吐血下泻血

 臧氏妇脐边痛下痢红白

 丁耀川令堂吐血，左胯肛门互换作痛

 丁文学令姊晕厥

 金良关咳嗽吐红，潮热，左胁不能卧

 倪五娘子口眼歪斜

 王祖泉令政头痛恶寒，汗出如雨

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医案二卷

医案三卷

医案四卷

医案五卷