自然界中超过99％的微生物目前无法在实验室中进行培养已成为一种共识。由此，微生物不可培养性这一现象成为基础和应用微生物学领域的一个主要挑战，而找寻一种可以描述、接近和利用这些未培养微生物的方法有可能会使我们今天所面临的生物学和生物技术问题发生革命性的变化。在我们进行相关研究的过程中，我们注意到了由Slava S．Epstein教授主编的这本《未培养微生物(精)》，并着手翻译了该书。本书主要就未培养微生物的基本概念、本质及相关研究进行了详尽深入的介绍。

自然界中存在的微生物物种数量可能以数百万计，但以纯培养物得以分离并加以描述的仅有几千种。造成这一巨大差异的主要原因是超过99％的所有环境微生物令人感到迷惑地无法在实验室中生长。微生物不可培养性这一现象披认为是基础和应用微生物学领域的一个主要挑战，找到一种可以触及大部分未培养微生物的方法可能会改变今天我们所知道的生物学和生物技术的许多方面。

Slava S．Epstein教授编著的《未培养微生物(精)》描述了这一现象的发现、目前对未培养微生物生理和分子本质的假设、最新“智取”未培养微生物的方法以及大多数未培养微生物在医学和生物技术的重要性。《未培养微生物(精)》揭示了未培养微生物的隐藏世界、它们无与伦比的多样性和巨大的应用潜力。

未培养微生物多样性的统计性估测

 1 引言

 2 丰度数据

2.1 参数丰度模型

2.2 非参数丰度模型

2.3 基于覆盖度的估计

2.4 讨论

 3 发生率数据

3.1 参数发生率模型

3.2 发生率非参数模型

3.3 基于覆盖度的发生率非参数模型

3.4 含有协变量的模型

 4 评论

 附录：软件

 参考文献

大规模平行测序表征微生物种群结构

 1 微生物多样性和可栖息性

 2 对微生物分类学和生态学的分子影响

 3 大量平行DNA焦磷酸测序和微生物多样性

 4 rRNA高可变区焦磷酸序列的生物信息学解释

 5 微生物多样性和“稀有生物圈”的拓展性展望

 6 大规模平行DNA测序和微生物种群结构的未来调查

 参考文献

用微阵列技术检测和鉴定未培养微生物

 1 引言

 2 微芯片的类型

2.1 系统发育寡核苷酸芯片(POAs)

2.3 群落基因组芯片

2.4 宏基因组芯片

2.5 全基因组开放阅读框芯片

2.6 同位素芯片

2.7 其他类型的芯片

 3 微芯片的应用

3.1 微生物检测

3.2 微生物种群动力学和活性

3.3 微生物鉴定

 4 芯片分析所面临的挑战及其局限性

4.1 依赖于已培养生物和／或已知序列的分析

4.2 芯片分析的灵敏度

4.3 特异性

4.4 芯片的定量性

4.5 数据分析和标准化

 5 结束语

 参考文献

天然实验室：来自未培养甲烷营养菌的经验

 1 引言

 2 厌氧嗜甲烷菌的发现

 3 海底厌氧嗜甲烷菌的鉴定及定量

 4 从原位观测到体外富集

4.1 寻找AOM热点

4.2 能量限制：甲烷及硫酸盐的供应及终产物的移除

4.3 最适温度与pH

4.4 避氧

4.5 其他生长需求

4.6 ANME与伴生菌富集的抑制或解偶联

 5 展望：其他分离技术

 参考文献

不可培养微生物的单细胞全基因组扩增

 1 引言

 2 细胞分离方法

2.1 微液滴捕获法

2.2 技术

2.3 荧光激活细胞分类技术(FACS)

2.4 微流控术

 3 单个细胞的DNA分离和扩增

 4 测序和基因组装配

 5 从基因组学到生物学

 参考文献

生长缓慢异养微生物的生理生态适应性及培养的结果

 1 引言

 2 资源和营养限制的生长

2.1 生物量水平的营养限制

2.2 生长速率的营养限制

 3 对营养限制的生理适应

 4 效率 Vs.快速生长

 5 生长缓慢作为增加可培养能力的一项策略

 6 为什么有大平板计数异常(GPCA)？

 7 总结

 参考文献

可育但不可培养细菌

 1 引言

 2 霍乱弧菌和其他物种的可育但不可培养状态

 3 VBNC细胞的计数方法

 4 霍乱暴发模型

 参考文献

微生物不可培养性的普适性模型

 1 引言

 2 不可培养微生物的原位培养

2.1 方法一：扩散室(Diffusion Chamber)

2.2 方法二：分离芯片(Ichip)

 3 不可培养微生物的体外生长及其驯化

3.1 获得不可培养物种的可培养变种

3.2 微生物的共生生长和共培养

 4 不可培养机制：MSC33的个案研究

 5 微生物的种群中的异质性

 6 对大平板计数异常现象的解释

6.1 模型

6.2 模型对不可培养现象及更多现象的解释

6.3 探索者模型的含义

 7 结论

 参考文献

未培养微生物的宏基因组和新抗生素发现

 1 次级代谢物与抗生素

1.1 次级代谢物介绍

1.2 新抗生素将来自于何处？

1.3 微生物多样性和宏基因组学

 2 以土壤DNA用于药物发现的早期宏基因组实验

2.1 hsp70、gyrA、纤维素酶及其他

2.2 eDNA文库和异源表达

2.3 信号、抗性、Turbomycins和Terragines

 3 从eDNA中克隆次级代谢生物合成途径的进展.

3.1 次级代谢物途径集约模型

3.2 “制约”宏基因组

3.3 更好的载体

3.4 更好的宿主

3.5 文库的大小

3.6 最新筛选

 4 结论

 参考文献

耐受性菌株、生物被膜和可培养性问题

 1 耐受性细胞的发现

 2 生物被膜与耐受性菌株的复苏

 参考文献

把概念推向极限：不可培养细菌与太空生物学

 1 微生物培养

 2 表型生长

 3 生命指征

 4 无生长发生时的生命检测

 5 生命的动力学指征

 6 地球以外样品中寻找生命

 7 不可培养的外星生命

 8 有关生命起源及生命的早期进化的建议：思考素材

 参考文献

译者后记