宋元时期是泉州港的鼎盛时期，然而一开始也有波折。北宋建立初年，沿袭的尚是唐式“南海蕃舶本以慕化而来，固在接以仁恩，使其感悦”的政策，仅在广州设市设置市舶司(类似今日海关)，处理“蕃货海舶贸易征榷”诸事，对华商出洋并不鼓励，甚至一度禁止华商下海。这尚属被动型国际贸易，此时在广阔的海洋世界，仍是穆斯林商人们掌控着优势。
从泉州港的发展历史上，可以看出商业力量是如何推动国家政策的变化的。北宋曾一度与高丽中断关系，但是已经成长起来的泉州商人显然并不喜欢就此中断贸易，因此他们获得了一个“走私者”的形象。如今这些名字可以在《高丽史》中看到：“宋泉州商王易从等六十二人”“宋泉州商萧宗明等四十”……
对于以上现象，苏轼曾在文中写道：“高丽数年不至……唯福建一路，多以海商为业，其间凶险之人，犹敢交通引惹，以希厚利。”
个子大了，衣服尺码不变，海商们自然不会舒服。况且此时的他们，不仅能以资财影响政治取向，还能跻身官宦之林，甚至有官宦之家弃官从商。于是到北宋中期，受“重商主义”影响的官员们屡屡上疏请在泉州设司管理对外贸易。
宋熙宁五年(1072年)，泉州转运使薛向提出“东南之利，舶商居其一”；到元丰五年(1082年)，泉州太守陈称又请设司，他在这次上疏中采用了更有说服力的逻辑——泉州没有市舶司，不但海商受损，朝廷收入也极受影响。一次次的上疏都没有得到批准。
到1087年，泉州的海上贸易正式进入了国家视野，这一年，在户部尚书李常的建议下，泉州正式设立市舶司。之后，虽然泉州市舶司曾几经废设，—直到南宋初年，泉州市舶司才稳定下来，但是这些时局变动并没有影响到海商力量的稳步发展，到南宋乾道二年(1166年)，受战乱等因素影响，两浙市舶司被罢，泉州成为南宋两大市舶司之一，从此泉州港进入它的鼎盛时期，国家和商业力量的合力，在此后一百多年的时间里，开创出一个东方经济占国际贸易主导地位的“泉州时代”。
关于泉州港是在南宋中期还是末期超越广州港的问题，学术界一直存在争论，但这并非问题关键，更值得注意的是，泉州港在这一时期的迅速崛起，其意义远远不止港口之间的地位更替。
台湾学者李东华将中国宋元时代的海外交通史称为“泉州时代”。伴随着中国港口进入“泉州时代”，“海上丝绸之路”也正在形成新的国际贸易图景。宋元时代的欧亚大陆展开了前未所有的商品和技术交流。与此同时，发生在中国庞大经济体内部的商业革命则十分有力地支撑了一个东方大港的出现——南宋城市化率达到中国古代的最高点，为22.05％。这个高峰记录_直保持到20世纪80年代中国改革开放政策进展数年之后——农民耕种着土地，商人和手工业者支撑着繁荣的城市经济。历史学家斯塔夫里阿诺斯描述这一时期的中国时，认为发生了-一场名副其实的商业革命，比如在唐朝工商业有120行，宋代激增到414行。
这一切已足以改变中国的模样和心态。到宋高宗赵构时，皇帝已经对海外贸易特别留意，他说：“市舶之利最厚，若措置合宜，所得动以百万计，岂不胜取之于民，朕所以留意于此。”
商人的地位也上升到古代中国的一个制高点。依据“诸市舶纲首能招诱舶舟，抽解货物，累价及五万贯、十万贯者，补官有差”的规定，致力于增加国际贸易量、使政府税务增加的大海商可以依据功劳大小，获得高低不等的官衔。这使得商业阶层的能量像滚雪球一样越滚越大，到南宋末期，大海商蒲寿庚“提举市舶”，也就是当上了泉州市舶司的总负责人。
在宋代的大多数时间里，对国际贸易货物抽解的比例大多都为十抽其一。在南宋中期，市舶总收入为200万缗，其中泉州港可占到100万缗，而当时的国库总收入还不到一千万缗。这也表现出当时国家对“市舶之利”的仰赖。
此时的海外贸易是如此重要，牵动着每一个人的神经。宋代的泉州官员每年都举行两次祈风仪式，并刻石以记之——觋在泉州九日山的祈风石刻就是实物见证。南宋泉州太守真德秀将祈风目的解释得很清楚：“惟泉为州所恃，以足公私之用者，蕃舶也。舶之至，时与不时者，风也；而能使风之从律而不愆者，神也。是以国有典祀，俾守土之臣，一岁而再祷焉。”
到了元朝，由于广州在改朝换代的乱局中三历战火，而泉州以蒲寿庚主导的海商力量主动降元，和平过渡，这也使得泉州港在元朝几乎获得了实际意义上的垄断地位。这时泉州所获得的贸易政策也是很有推动力的，“癸酉，世祖令商贾市舶物货已经泉州抽分者，诸处贸易，止令输税”。并且，对于从事海外贸易的海商，元朝给予了“所在州县并与除免杂役”的优待。
即便今天，庞大的人口数量依旧是一个城市繁荣的标志，古代社会更是如此。正是海外贸易的持续兴盛，使泉州这个“人稠山谷瘠，虽欲就耕无地辟”的地方在北宋时人口就超过了20万，成为全国六大都市之一。元时，泉州的人口达到历史最高点，户数超8万，口数超过45万。
这个时候的泉州城显得更加不规整，大量人口沿着晋江在城南扩展。如今有大量的遗迹证明城南曾是个繁盛区域，因为这里靠近港口。
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