《朱熹错了(评朱注四书)》分为四部分，依序是针对《论语》、《孟子》、《大学》、《中庸》的朱注所作的批评辩证。其中《论语》的内容最多，着重指出孔孟的基本观点是“人性向善”。探讨《孟子》部分时，作者傅佩荣分析了一系列与人性有关的概念，最后也与朱注得出大不相同的结论。《大学》部分中，作者对“格物致知”的理解既与朱注有别，也与王阳明的诠释不同。到了《中庸》部分，作者则像是撰写一份心得报告，因为前面三书确立了儒家的思想基调，至《中庸》已有总结的意味。

第一辑 《论语》部分

1.时机的重要

2.自我反省

3.好德与好色

4.交友之道

5.贫而乐道

6.情感真挚

7.立志学习

8.解除迷惑

9.“天命”是什么？

10.顺从天命

11.从心所欲

12.尊敬父母

13.脸色和悦

14.面对异端

15.三纲五常

16.礼的意义

17.祭祀鬼神

18.向天祈祷

19.一贯之道

20.天道之意

21.人与本心

22.无关天命

23.颜子之乐

24.应该真诚

25.关于鬼神

26.博施济众

27.何有于我

28.朝闻夕死

29.德必有邻

30.孔子之忧

31.束修之礼

32.主持丧礼

33.重视斋戒

34.德的意义

35.面对鬼神

36.生死问题

37.善人的特色

38.曾点言志

39.克己复礼

40.管仲之仁

41.无为而治

42.先后问题

43.“性相近”的讨论

44.三戒与三畏

45.益者三乐

46.三年之丧

47.父子相隐

48.不了解孔子

49.后人误会孔子

50.圣人可学而至吗？

51.朱注所肯定的孔门弟子

52.朱注所批评的孔门弟子

第二辑 《孟子》部分

1.“为长者折枝”辨

2.“情”字的用法

3.“才”字的用法

4.“体”字的用法

5.“气”字的用法

6.“身”字的用法

7.一般的“心”

8.“心”的正确作用

9.推究心的根源

10.“天”字的意义

11.“善”字的用法

12.“性善”的意思

13.心之四端

14.朱熹所理解的孟子人性论

15.恶的来源

16.何谓“尽心知性知天”？

17.“欲”的问题

第三辑 《大学》部分

1.《大学》的体系

2.“明明德”的合理诠释

3.“亲民”的合理诠释

4.“止于至善”的合理诠释

5.“格物”是什么？

6.再谈“格物”

7.“致知”是什么？

8.再谈“致知”

9.“诚意”是怎么回事？

10.“正心”是怎么回事？

11.修身的要诀

12.齐家的构想

13.治国与平天下

第四辑 《中庸》部分

1.《中庸》为什么重要？

2.《中庸》的出发点

3.“天命”的内容

4.天命之普遍性与个别性

5.“率性”所蕴含的问题

6.由“道”说“性”

7.“中庸”的意思

8.“鬼神”的角色

9.“人之道”的展现

10.天与人之间

11.诚与明

12.圣人的伟大作为