闵庆文主编的《太湖流域水生态功能分区与质量目标管理技术示范研究论文集》共收录论文72篇，涵盖水生态系统调查与评估、水环境问题及其影响因素、水质目标管理技术及其应用三个方面，其中65篇论文已发表在《Ecological Economics》、《QuaLtemary International》、《自然资源学报》、《生态学报》、《资源科学》、《湖泊科学》、《地理研究》、《长江流域资源与环境》、《中国人口·资源与环境》、《环境监控与预警》等期刊上，其他文章也已投稿。

一、水生态系统监测与评估

太湖流域主要河道浮游植物类群对比研究

太湖流域主要河流大型底栖动物群落结构及水质生物学评价

太湖流域生态系统遥感调查

基于纹理特征和支持向量机的ALOS图像土地覆被分类

基于数字高程模型的流域河网信息提取方法与应用分析

Ecosystem services research in China：Progress and perspective

基于人类需求的生态系统服务分类

太湖地区森林生态系统的水源湖涵养功能特征

森林生态系统对非点源污染的控制机理与效果及其影响因素

太湖流域安吉县森林控制土壤侵蚀及养分流失的效益评估

太湖湿地生态系统服务功能价值评估

太湖流域水生态系统服务及其空间差异

常州市水生态系统服务功能分析及其价值评价

太湖流域城镇绿地系统水生态服务功能研究

太湖流域城镇绿地系统生态服务功能经验评估

太湖流域城镇绿地景观空间分布及其格局初步研究

太湖流域安吉县城绿地系统水生态服务功能

基于水环境与原生生物群落指标评价太湖流域水生态系统健康

太湖流域生态系统健康的空间分异及其动态转移

太湖流域景观生态风险评估

太湖流域西苕溪1955—2008年径流量突变分析

太湖流域西苕溪1972—2008年径流量变化趋势与原因分析

我国环境流量研究的几个关键问题探讨

二、水环境问题及其影响因素

苏南运河污染特征及治理对策研究

南太湖入湖口蓝藻水华时空分布规律及相关响应因子分析

湖州市中心城区饮用水源地粪大肠菌群污染特征及源解析研究

太湖流域湖西地区污染成因分析

污染足迹：一种基于生态系统服务的生态足迹

基于污染足迹模型的太湖流域水环境演变的人文驱动力评估

污染足迹及其在区域水污染压力评估中的应用

城乡居民食物消费的水生态占用分析

太湖流域水生态功能区土地利用变化的景观生态风险效应

Land Use and Water Quality Response in the Northern Region ofChangxing County

Land Use Change and Ecological Environment Evolution in Taihu Lake Basin

长兴县北部地区的土地利用与水质响应研究

太湖流域农业面源污染及控制研究进展

太湖流域农业污染压力分析

太湖流域稻麦轮作系统实际施氮量及其多重效应

近30年来太湖围湖利用及东太湖围网养殖动态变化的遥感监测

太湖上游西苕溪近岸森林土壤氮磷养分差异特征

太湖流域安吉县林地养分流失评估

太湖地区竹林生态系统土壤硝态氮的分布特征

湖州市环境库兹涅茨曲线转折点分析

基于生态足迹法的区域水生态承载力研究

三、水质目标管理技术体系及其应用

构建新型水环境管理技术体系

太湖流域水生态功能分区

太湖流域水生态功能二级分区

太湖流域水生态功能三级分区

太湖流域典型区控制单元划分及其水环境载荷评估

Minimum ecological water depth Ofa typical stream in Taihu Lake Basin，China

利用TMDL方法计算平原河网区水环境容量研究

基于控制断面水质达标的水环境容量计算方法研究

浙江西苕溪水环境容量模型与参数灵敏度分析

常州市太湖流域水环境质量目标管理技术研究

太湖主要入湖河流排污控制量研究

苏南运河水质影响区污染负荷研究

浙江省安吉县西部小流域非点源污染估算

浙江省长兴县北部小流域非点源污染估算与控制

基于控制单元水平的污染物负荷分配研究

苕溪流域典型控制单元水质目标管理案例研究

基于TMML的太湖流域水质目标管理系统设计与实现

Design and Implementation Of Taihu Lake Basin Management Information System based on GIS

Model Components And Interfaces Design In Environmental Modeling System

浙江省排污权初始分配与有偿使用定价方法初探

基于控制单元的流域水污染控制与管理

浙江省现行水环境管理政策法规研究

太湖流域排污权交易的实践与立法问题探析

入太湖河道水质达标研究

浙江省太湖流域水环境管理思路研究

南太湖地区农村小流域非点源污染调控研究

太湖流域主要入湖河流水环境综合整治

基于生态安全格局的湖州市城乡建设用地空间管制分区