Zenonia 2的故事讲述的是维护着世界平衡的生命之树，为了消除人类贪婪腐朽的恶念而牺牲自己的生命之叶。但不幸的是这些生命之叶并没能消除人类的恶念，反而还增强 了恶魔们的力量，让世界进入了极度的混乱之中。而这个时候四位年轻的英雄——Lu、Ecne、Morpice、Daza扛起了拯救世界的重任。