《金陵大报恩寺史料选辑》的史料分类基本借鉴《金陵大报恩寺塔志》，分为寺院兴废、高僧大德、名家诗文、逸闻杂记、考古发掘史料和外国史料六个部分。《金陵大报恩寺史料选辑》辑录的是为《折疑梵刹志》《金陵大报恩寺塔志》二书未收录，而能反映南京大报恩寺史上某个时代的基本面貌或跨时代的重要变革，或其对各个时代政治、宗教、社会、文化等的影响的史料。因此，它并不是一部南京大报恩寺的全部史料书，或者说是一部独立、完整的大报恩寺史志，而是对《折疑梵刹志》《金陵大报恩寺塔志》二书的补充，三者一起共同组成为一部大报恩寺全部史料书，成为一部南京大报恩寺全史。

一、寺院兴废
二、高僧大德
三、名家诗文
四、逸闻杂记
五、考古发掘史料
六、外国史料