本索引共分十一章。限于篇幅，分上、下两卷出版。上卷为一至四章的新中国成立后发表的有关研究吴晗的文章及史料索引”的前一部分，截止处为1965年11月10日姚文元在《文汇报》上发表《评新编历史剧(海瑞罢官)》之前。下卷从第四章的1965年11月10日始至第十一章(本书下卷目录详见本书附录)。本索引所收入的史料原则上按史料产生的时间为序排列。相同内容且产生时间相同的史料则再按史料题目中文字的音序排列。本索引为了方便读者参阅使用，对一些专著除了做有关版权页内容的介绍外，还对专著的目录作了介绍，但为了减少篇幅仅仅只限于该专著的初版，重印和再版等均未再作介绍。

一、吴晗著作专集及文章索引
1．吴晗逝世前出版的著作索引
2．吴晗逝世后出版的著作索引
3．吴晗逝世前在期刊上发表的文章索引
4．吴晗逝世前在报纸上发表的文章索引
5．吴晗逝世前其他专著中的吴晗的文章索引
6．吴晗逝世后有关涉及吴晗专著的文章索引
7．吴晗逝世后在档案文件中找到的吴晗的文章索引
8．吴晗逝世后报刊上登载的吴晗的文章索引
9．吴晗逝世后其他途径找到的吴晗的文章索引
10．吴晗逝世前出版的合著索引
11．吴晗逝世后出版的有关合著索引
二、吴晗担任主编出版的著作、期刊索引
1．吴晗逝世前担任主编出版的著作、期刊索引
2．吴晗逝世后出版的他担任主编再(出)版的著作索引
三、吴晗为其写序的著作索引
1．吴晗为自己写序的著作索引
2．吴晗为别人写序的著作索引
3．吴晗的文章被选做代序的著作索引
四、有关研究吴晗的文章及史料索引
1．新中国成立前发表的研究吴晗的文章及史料索引
2．新中国成立后发表的研究吴晗的文章及史料索引