为了更好地挖掘和利用这些资源，本着提高资源的共享效率的目标，对本中心保藏的菌种进行整理和编撰，在《中国农业菌种目录》2001年版的基础上，进行了增删和修订，编辑出版《中国农业菌种目录》2005年版。这是本中心保藏的部分菌种的名录，共有252属716种3 336株。该目录内容较前两版内容更丰富，信息描述更规范。这本目录为从事农业科技、检测、生产及其它相关行业的工作者提供了更多的微生物资源信息。
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目录
一、细菌
二、放线菌
三、酵母
四、丝状真菌
五、大型真菌(主要为食用菌)
附录I：培养基
附录Ⅱ：菌种拉丁学名
附录Ⅲ：菌株编号
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