《淡水生物多样性保护工作实践指南》指出了淡水生物多样性保护工作所面临的全球性挑战，探讨了生态系统的结构和功能是如何支持这种多样性的，并介绍了一些方法，以在较大地理区域或某些特定地点确定最需要保护的生物多样性。作者妮可·思科、克里斯汀·斯如娜在前几章提供了一些重要的背景知识，继而回顾了导致淡水生物多样性恶化的四个主要原因（水的使用和管理、外来物种入侵、土地的使用和管理、过度捕捞和渔业管理），同时也提出了一系列有望成功的策略。

第一章 生物多样性保护工作面临的全球性挑战

  第一节 淡水资源危机：我们为什么要关心这个问题

  第二节 面临的挑战

第二章 淡水基础知识：流域、淡水生态系统和淡水生物多样性

  第一节 流域的形成及功能

  第二节 淡水生态系统及其变异

  第三节 淡水生物多样性

第三章 集中进行淡水保护工作

  第一节 什么样的生物多样性应该受到保护?哪里的生物多样性应该受到保护

  第二节 如何最有效地保护生物多样性?

  第三节 区域规划与保护区规划相结合

第四章 了解淡水生物多样性所面临的威胁制定有效的保护策略

 引言

 水的使用与管理

  第一节 水坝

  第二节 地表水引水

  第三节 河床及河岸结构的改变

  第四节 地下水开采

 土地的使用与管理

  第一节 农业

  第二节 城市化与工业化

  第三节 林业

  第四节 矿业

  第五节 休闲娱乐

 过度捕捞和渔业管理

 外来入侵物种

第五章 衡量淡水生物多样性保护工作的成效

  第一节 制订淡水监测计划：目的、指标和优先顺序

  第二节 设计淡水监测计划：监测计划的关键要素

  第三节 保护行动成功的关键——在适应性管理的框架内进行监测

附录A 淡水生态系统类型的生态特点

  第一节 湖泊与池塘

  第二节 河川

  第三节 湿地

附录B 淡水生态完整性指标

  第一节 五大生态要素指标

  第二节 综合指标