《音乐考古与音乐史》辑录的论文，是方建军在2006至2009年间撰写的，其中绝大部分已经发表。

书中所收论作，依论述的内容和性质大体做了分类，编为通论、出土乐器研究、海外古乐器研究、乐律学史研究、音乐思想史研究等五辑，并增加了一些插图。

第一部分 通论

考古新发现与古代音乐史研究

发声器、“前乐器”与乐器

出土乐器测音研究的几个问题

第二部分 出土乐器研究

洛阳北窑周埙研究

新出芮国乐器及其意义

秦子镩的器主和时代

秦子镩及同出钟磬研究

秦墨书竹筒与乐器“簧”

太室埙、韶埙新探

洛庄汉墓14号陪葬坑编钟研究

洛庄汉墓14号陪葬坑编磬的组合、编次和音阶

洛庄汉墓14号陪葬坑编钟、编磬声谱分析

琴瑟的轸和轸钥

居延汉笛奏法新解

第三部分 海外古乐器研究

由美国收藏的镛谈到镛的断代

西周早期云纹编钟的再认识

美国收藏的速钟及相关问题

“虢叔旅钟”辨伪及其他

论美国赛克勒所藏编钟

柏林民俗博物馆收藏的编钟和锌于

乾隆特磬、编磬与中和韶乐

第四部分 乐律学史研究

《周礼大司乐》商声商调考

论周景王铸钟的无射和大林

伶州鸠与周代的七律

楚简《采风曲目》释义

第五部分 音乐思想史研究

商周礼乐制度中的乐器器主及演奏者

商周时期的礼乐器组合与礼乐制度的物态化

古乐“和”“同”思想试探

声、音、乐及其思想技术涵义

古代乐占试说