琼瑶真人编著的《针灸神书》凡四卷。卷一至卷三，分天部、人部、地部，是为三才。根据中医基础理论（包括阴阳五行、脏腑经络、五运六气学说），结合针灸临床实际，论营卫深浅、气血流注、表里相应、水火分治、生成之数等内容，而尤重针刺手法，卷一列有“琼瑶真人秘授神针手法心授口诀二十四字”，卷三“黄帝之机、琼瑶之论”，则总括各种补泻手法名目，可谓针刺手法之集成。本书特点之一，是对针下之气的论述，将针下之气分为虚、实、浮、沉、滑、涩、紧、微的不同，并相应予以不同的手法，对于临床治疗大有裨益。卷四附方穴图，以十四经穴图为主，对常用经穴的经脉分布、取穴部位作了介绍，其中尤其重视五腧穴、八脉交会穴、天星十一穴，而“流注六十穴道”则是子午流注取穴法的经穴分部。如再结合卷三“十二经络配合四十法”以下各节经穴主治，“经络分所属六十二法”以下各节的部分内容，则对取穴、选穴、手法、主治等掌握更加全面。

《针灸神书》又名《琼瑶神书》，原题宋代琼瑶真人著。书中除论述经络气血流注、穴位分布尺寸等以外，尤其着重阐发各种针刺手法及其具体应用，并对70余种病证的针刺取穴与手法予以介绍。文字大多采用歌赋形式，便于初学。由于本书自清同治年后从无刊刻，传本极少，所以具有较高的文献价值。今根据中国中医科学院图书馆藏清道光刊本点校，以广其传。

卷一 琼瑶神书天部

 宋徽宗皇帝崇宁五年琼瑶真人一书手法序一

 琼瑶真人用升阳升阴气上气下之手法讲论歌二

 琼瑶标本运气歌三

 琼瑶辨十二经水火分治法四

 宋徽宗崇宁皇帝论五

 论手足阴阳流注篇六

 络脉传注周流不息七

 医学源流八（略）

 琼瑶真人避瘟毒传染法九

 琼瑶真人针灸神针礼斗神咒十（略）

 天昰神咒十一（略）

 后咒针法揉搓十二（略）

 生成数十三

 千金不传之秘十四

 琼瑶神针书定生死之法千金不传十五

 琼瑶真人秘传神针手法心授口诀二十四字十六

 赤凤摇头十七

 苍龙摆尾十八

 搓法（三阳经外络内搓、三阴经内络外搓）十九

 琼瑶真人三百六十号总括二十

 琼瑶真人十段锦周流气上气下秘诀二十一

 琼瑶真人治病手法歌

卷二 琼瑶神书地部

 琼瑶真人汗吐下三法

卷三 琼瑶神书人部

 琼瑶讲论五脏答问

卷四 附方穴图

 十四经穴歌一

 十四经穴歌二