1911年10月10日，辛亥革命爆发，全国闻风响应。远在日本的中国留学生，特别是同盟会成员，纷纷回国，此时的何应钦就读于日本振武学校，他也是同盟会成员之一。
何应钦回国后，投身于光复上海之役，与蒋介石同在沪军都督陈其美的司令部任职。这是何应钦和蒋介石同事关系的起点，但当时何应钦对蒋介石印象并不深。
1913年，孙中山兴师讨袁，发起二次革命。何应钦以江苏陆军第7师第1旅第3团步兵营长的身份参加了二次革命，9月，二次革命失败，何应钦重返日本进入陆军士官学校第二十七期学习。
何应钦在士官学校的最后一个学期，正是国内护国战争进行的时候。何应钦出生在贵州兴义县，因此他经常阅读国内寄来的报纸和信件，对贵州和黔军在护国运动中的情况有所关注。贵州的护国战争，主要得益于王伯群、贵州护军使副官长兼第1团团长王文华以及贵州护军使刘显世的积极作用，他们都是兴义人，这让何应钦感到脸上有光。
1916年，何应钦毕业归国，他受王文华的邀请，和同窗朱绍良、谷正伦等人一起参加了黔军。就这样，何应钦登上了日后领兵为将的第一道台阶。此时护国战争爆发，何应钦一到贵阳就被委以重任，任黔军第1师步兵第4团团长兼讲武学校学生营营长。
当时，在军阀集团内部，权力纷争总是与权力的增值同步。在黔军内部，王文华掌握着实权，但他的舅舅刘显世却是树大根深，他们之间的权力之争，使黔军内部逐渐形成了“旧派”和“新派”两种势力。在这场新旧两派的明争暗斗中，何应钦作为留日学生，自然选择依傍王文华的“新派”，但同时他也不想得罪刘显世，因此小心谨慎地在两人之间周旋。
1916年4月，何应钦与王文华的胞妹王文湘喜结良缘，这更拉近了他和王文华的关系。
在随后两年多的时间里，何应钦凭借政治组织才能和严谨的军人作风，创办了“少年贵州会”，这为王文华团结省内外进步分子建立新党创建了良好条件，也为以后夺取贵州政权奠定了良好的基础。何应钦逐渐被重用，最后晋升为陆军上将，成为贵州新派的核心人物。
1919年是中国新旧民主主义革命转折的一年，同时也是对何应钦影响重大的一年。一方面，何应钦在五四运动中表现出了他的爱国思想，另一方面受时代潮流的影响，他也表现出了不安于现状和急剧膨胀的追逐权势的欲望。
1920年末，何应钦协助王文华参与谋划和发动了“民九事变”，迫使刘显世交出贵州大权。但刘显世并不甘于失败，派杀手刺杀王文华。王华文死后，新派失势，一片混乱，何应钦被迫逃往云南。但刘显世仍不肯放过他，又收买杀手行刺何应钦。何应钦身受重伤后被及时送往医院，方幸免于难。随后，何应钦偕妻前往上海投奔王伯群。这次死里逃生的经历，让何应钦常感慨乱世政治的可怕并对政治心生厌倦。
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