本书作为“千种药用植物基因组研究计划”的研究成果之一，聚焦药用植物叶绿体基因组的结构解析、特征描述和功能阐释。全书承接《中国药用植物叶绿体基因组图谱》第一册的编纂体例，对133种药用植物及其叶绿体基因组图谱进行了详细描述，内容包括药材基本信息、叶绿体基因组、编码基因、重复序列、高可变区、系统发育、K/K，选择压力分析、宏DNA条形码的发现及其PCR扩增引物设计。本书为全面阐释药用植物的遗传密码奠定了基础。
本书可作为高等院校、科研单位的专业教材与参考用书，对管理部门、药用植物种植基地与生产加工企业具有重要的参考价值。

各论
当归
白芷
明党参
川明参
野胡萝卜
珊瑚菜
枸骨
半夏
人参
竹节参
三七
马兜铃
汉城细辛
知母
山麦冬
多花黄精
滇黄精
牛蒡
茵陈蒿
菊苣
野菊
短葶飞蓬
淫羊藿
朝鲜淫羊藿
三枝九叶草
巫山淫羊藿
桃儿七
芥菜
萝卜
白芥
菥蓂
小叶黄杨
沙参
半边莲
川续断
忍冬
灰毡毛忍冬
翼首草
金铁锁
孩儿参
草珊瑚
西瓜
甜瓜
罗汉果
福州薯蓣
柿
沙棘
木贼麻黄
中麻黄
草麻黄
谷精草
巴豆
广东金钱草
大豆
光果甘草
胀果甘草
达乌里秦艽
秦艽
麻花艽
银杏
枫香树
番红花
紫苏
广藿香
甘西鼠尾草
木通
樟
乌药
香叶树
暗紫贝母
甘肃贝母
湖北贝母
平贝母
梭砂贝母
太白贝母
新疆贝母
伊犁贝母
浙贝母
百合
广寄生
石榴
玉兰
武当玉兰
七叶一枝花
风龙
蓝桉
杜鹃兰
鼓槌石斛
流苏石斛
铁皮石斛
阴行草
罂粟
余甘子
商陆
马尾松
风藤
胡椒
薏苡
毛金竹
粱
掌叶大黄
鸡爪大黄
多被银莲花
乌头
骏枣
酸枣
梅
山桃
长梗扁桃
桃
枇杷
石楠
金樱子
玫瑰
月季花
地榆
甜橙
川黄檗
青花椒
槲寄生
七叶树
龙眼
八角
五味子
颠茄
油茶
芫花
黑三棱
爪哇白豆蔻
莪术
姜黄
温郁金
蒺藜