南怀仁的《穷理学存》是明末清初中西会通的集成之作，它的“穷理学”概念，编纂背景，和编纂方式对研究明末清初中西文化交流有着重要的文献价值。《穷理学存(外1种)(精)》以北大本《穷理学》为底本，参照了其他若干本子，进行了整理与点校。外一种包括《坤舆图说》，上卷自《坤舆》至《人物》，分十五条，皆言地之所生。下卷载海外诸国道里、山川、民风、物产，分为五大州，而终之以《西洋七奇图说》，具有丰富的历史地理价值。

理推之總論一卷

總引

論題列與限界及理推也者第一篇

論題列與限界其理正否辯

解題列為當一支

就幾何與何似以析題列之屬端一支

釋限界三支

解理推也者當否

釋推論之本理何屬一支

解理推當否二支

凡理推為就規模之推辯者否三支

理推之總論二卷

直題相轉

前設之四論當否辯

公且非以直相轉一支

公且是者相轉二支

特之題列之相轉三支

孑一之題相轉四支

直之題列可就反置受轉否

固然之題反置之相轉

論凡屬可不然之題與凡有合成之限界者亦可就

反置受轉否二支

理推之總論三卷

何若題相轉筆篇

論屬何若題之相轉辯

固能可三何若屬是者其題之轉當否一支

論不可有等何若屬非者其題之相轉何如二支

第二義可然者之題何以相轉

亞利論此顛取合義乎取分義乎又此題之闡解何如一支

第二義之可然屬是者相轉二支

第二義可然屬非者相轉三支

第二義可然者之題摅其屬合義而言可相轉與否辯三

其題有可相當可解之之他題否一支

凡可然且屬合義之題可相轉否二支

何若之題可就反置轉否三支

理推之總論四卷

形與式云何

可凡可無一之限界

……