《余听鸿医案》医案和论述大部分属内科范围，为其手录治愈的重症及疑难杂病，兼及平日得之师友问的治验。全书共载病种九十二门、医案一百十九则，内容主要涉及内、外、妇等科，病证范围以关格、肿胀、湿温、咳嗽、戴阳、泄泻、时毒、发背、产后病等为多。医案记录详尽，辨证精审，用药灵活多变，如治关格、痹痿、上下脱、阴、阳斑等数案，病情变幻多端，余氏用药能洞中肯綮，反映了其丰富临证经验。
《外症医案汇编》四卷，是近代中医外科流派“心得派”的集大成著作之一。余氏精内外科，鉴于有许多需要内科配合治疗的外科证，往往由于病家和专科医生不明确综合治疗的必要性，每致意见分歧，贻误患者。为了弥补这一缺憾，他选辑了清代名家如陈学山、薛生白、缪宜亭、叶天士和徐灵胎等的外证医案七百余则，间附以自己的治验案，分为十三部七十三门。主要论述和分析了脑疽、骨槽风、秃发疮、夹喉痈、肺痈、胃痈、肝痈、肠痈、肾俞痈、失荣证、马刀疬、瘰疬、流痰、发背、搭手、疔脓、下背疽、丹毒、乳痈、乳岩、腋痈、脐痈、小腹痈、腹皮痈、脐漏、子痈、囊痈、肛痈、肛漏、痔疮等。总结其病之成因、证之变化以及内外方治之法，论其利弊，辨其异同，文字朴实，指示恳切，对外科临床确能起着不少帮助作用。
《伤寒启蒙集稿》是清代柯琴著、清代余听鸿纂注的一本伤寒金匮类中医文献，七卷。卷一至卷六依次注解太阳病、阳明病、少阳病、太阴病、少阴病、厥阴病，卷七为制方大法。余氏注文强调四诊不可疏忽，尤如喜与苦、欲寐不得寐、能食不能食，临诊尤须细心审察；对伤寒之阴阳、虚实、正反、真假，更须明辨不惑；随症立方既有章程，又当灵变。
《余注伤寒论翼》，伤寒著作。四卷，清·柯韵伯撰，余听鸿注。余氏认为柯氏著述“条理疏畅，议论明晰”，遂将《伤寒论翼》的抄本予以补缀加注，而成此书。据余氏自称，其补缀的阙字与柯氏原文或微有不合之处。

医案记录详尽，辨证精审，用药灵活多变，病情变幻多端，余氏用药能洞中肯綮，反映了其丰富临证经验。